Die Traun entspringt im Toten Gebirge als Grundlseer Traun in einer Quelle, dem Traunursprung. Sie durchfließt zunächst den Toplitzsee und anschließend den Grundlsee. In Bad Aussee vereinigt sich die Grundlseer Traun mit der Altausseer Traun und Kainischtraun und wird danach Koppentraun genannt. Die Koppentraun fließt westwärts durch den Koppenpass, bis sie sich am Dachsteinmassiv nach Norden wendet und den Hallstätter See durchquert. Ab dem Austritt aus dem Hallstättersee heißt sie endgültig Traun. Sie durchquert im Mittellauf das innere Salzkammergut und Bad Ischl. Dann fließt sie am Höllengebirge entlang bei Ebensee in den Traunsee, bei Gmunden verlässt sie die Salzkammergutberge (Gmundner Traun) und tritt ins Alpenvorland ein. Bei Stadl-Paura nimmt sie die Ager, ihren größten Seitenfluss, auf und fließt an Wels vorbei durch die flache Welser Heide. Der Fluss mündet bei Linz in die Donau.
Die Traun hat wie kein anderer Fluss in Österreich Fischer aus der ganzen Welt angezogen und war berühmt für ihren hervorragenden Fischbestand. Die berühmte Gmundner Traun kann als Wiege der Fliegenfischerei in Mitteleuropa und Österreich bezeichnet werden. Vor allem in den unteren Bereichen der Traun war der Äschenbestand legendär. Die Äschen wurde jedoch weitgehend Opfer der winterlichen Kormoran Einfälle und kommen leider nur mehr in sehr kleinen Restpopultationen vor. Heute kommen hauptsächlich Bach- und Regenbogenforellen sowie Barbe oder Hecht vor. In den Niederungen des Alpenvorlandes ist die Traun vor allem in aufgestauten Bereichen als Mischgewässer zu bezeichnen. Bach- und Regenbogenforellen wachsen in dem sehr nährstoffreichen Gewässer zu oft kapitalen Exemplaren ab. Der OÖ-LFV bewirtschaftet mehrere Teilstücke dieses wunderschönen Flusses.