Die Enns entspringt im Bundesland Salzburg, in den Radstädter Tauern am Fuß des Kraxenkogels. Von dort fließt sie in einem in der Eiszeit geformten Tal – das eine schon früher existierende geologische Linie nachbildet – an der Grenze zwischen den Nördlichen Kalkalpen und den Niederen Tauern in östlicher Richtung in die Steiermark und passiert das Dachsteinmassiv auf der Südseite. Auf den nun folgenden 100 Kilometern ist für das Ennstal der geomorphologische Unterschied zwischen schroffen Kalkstein-Bergen im Norden und den sanfteren Schieferbergen im Süden charakteristisch. Zwischen Admont und Hieflau durchbricht die Enns in einer etwa 15 km langen Schlucht, dem so genannten Gesäuse, den Kalkalpenstock der Ennstaler Alpen. Danach biegt sie nach Norden ab, nimmt die Wässer der Salza auf und erreicht an der Einmündung des Laussabachs das Bundesland Oberösterreich. Nördlich der alten Eisenstadt Steyr bildet sie die Grenze zwischen Oberösterreich und Niederösterreich. Wenige Kilometer nördlich der Stadt Enns mündet der bereits ca. 100 m breite Fluss bei Mauthausen in die Donau.
Fischereilich hat die Enns sehr unter Nutzung durch die Wasserkraft gelitten. Vor allem der oberösterreichische Tei der Enns ist eine Abfolge von Staubereichen. Früher, als die Wanderungen dieses Großsalmoniden zu seinen Laichgründen noch möglich waren, war die Enns bekannt für Ihren großartigen Huchenbestand. Heute gibt es in der Enns immer noch Huchenbestände, die aber größtenteils aus Besatzmaßnahmen stammen. Diese Fische wachsen auch in den Stauräumen zu kapitalen Exemplaren ab. Die Enns kann in Oberösterreich aufgrund ihrer gleichbleibend niedrigen Temperatur bis zur Mündung in die Donau zur Äschenregion gezählt werden. Vor allem die Restwasserstrecken unterhalb von Kraftwerken bieten oft eine ausgezeichnete Fischerei.